La aparición para Portugal de un nuevo país competidor, España, en el comercio de las especias y la existencia del tratado de la línea divisoria establecido en Tordesillas por el Papa, plantearon un problema que llevó a un intento de resolución de forma amistosa en 1524.

No disponiéndose de medios para probarse el uno al otro las tesis que mantenían, se disolvió la Junta sin resultado ese mismo año.

En 1529, se firmó en Zaragoza un tratado con Portugal, consistente en colocar la línea divisoria de los límites del Tratado de Tordesillas 17º al este de las Molucas, y como consecuencia Carlos I cedía todos los derechos sobre la zona a Portugal por una indemnización de 350.000 ducados.

Desde entonces y hasta el siglo XVIII quedaron los portugueses dueños del comercio de las especias.